Élisabeth veut cependant plus qu'une pieuse association. Avec ténacité et audace, elle obtient de l'évêque, pour elle et ses compagnes, de devenir religieuses. Le 12 septembre 1879, elles prononcent leurs voeux de chasteté, de pauvreté et d'obéissance. Le jeune Institut, voué à l'instruction et à l'éducation chrétienne des enfants, compte alors treize membres.

Mère Marie-Élisabeth a le bonheur de désigner les deux premières missionnaires qui se rendent à Saint-Gabriel de Rimouski, le 7 janvier 1880, pour prendre la direction de l'école de la localité. Elles inaugurent ainsi la mission propre de la Congrégation définie:

L'Institut des Soeurs des Petites Écoles a pour fin de former de bonnes institutrices et de tenir des petites écoles dans les lieux où le besoin en est plus urgent. Les Soeurs doivent se proposer en même temps non seulement de s'appliquer à leur propre salut et à leur perfection avec le secours de la grâce divine, mais encore d'instruire et de former à la piété enfants, principalement ceux des pauvres. (Constitutions de l'Institut écrites par Élisabeth Turgeon)

Mère Marie-Élisabeth meurt le 17 août 1881. Pendant six ans, elle a donné à l'Institut le meilleur d'elle-même et en a assuré les bases. Sa famille religieuse compte alors 17 sœurs et connaît bien des difficultés de survie. La foi des sœurs des Petites-Écoles fut plus forte que les obstacles à l'expansion de l'œuvre. L'approbation définitive de l'Institut et de ses Constitutions et Règles, par Sa Sainteté Pie XI, le 7 janvier 1936, fut un puissant facteur de stabilité pour la Congrégation.